被称为木星蜥蜴的神秘敌人于2195年首次袭击地球。面对压倒性的敌人，地球军队束手无策，火星与殖民地一起落入敌人手中。这是“第一次火星战役”之后的一年。为了夺回火星，非政府组织尼鲁加路重工用最新技术建造了一艘新型战舰NADESICO。一是儿时玩伴，天河名厨兼飞行员，其他机组人员各有千秋，但性格和出身都存在一些问题。在遥远未来的公元2195年，人类在火星的殖民地被称为“木星蜥蜴”的神秘木星生物袭击，由于彼此科技有差距，地球军大败，火星殖民地被摧毁，地球连合军立刻提升军力以备战敌人。而此时一个不属于地球政府的私人集团尼尔加(NERGAL)重工，研制了一艘火力强大、站在人类科技尖端的的宇宙战舰，这艘战舰的名字就叫做抚子(NADESICO)。本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相